美国新冠爆发前是否有新冠感染被认为是流感

老福

Trevor Bedford is an Associate Member at the Fred Hutch in the Vaccine and Infectious Disease Division and the Computational Biology Program. He is also an Affiliate Associate Professor in the Department of Genome Sciences and the Department of Epidemiology at the University of Washington.

这是他发的一系列Twitter帖子，全文见 https://twitter.com/trvrb/status/1249414291297464321
3:09 PM · Apr 12, 2020

中文要点：

Trevor Bedford的课题组重新检测了Seattle Flu Study项目收集的有流感样症状病人的样本，看它们是否新冠阳性。

2020年一月份收集的3600份样本，其中新冠病毒的阳性率为：零！

二月份收集的3308份样本，2月1日到2月20日的样本，新冠阳性率为：零！第一份新冠阳性样本出现在2月21日，整个2月份一共测出10个阳性。

（老福注：2020年1月21日，美国华盛顿州斯诺霍米什县确认了美国首例确诊2019冠状病毒病病例）

There is a lot of Twitter chatter surrounding a rumor that circulation of #COVID19 in California in fall 2019 has resulted in herd immunity. This is empirically not the case. COVID-19 was first introduced into the USA in Jan/Feb 2020.

We have a couple good sources of evidence here: (1) direct testing of @seattleflustudy  samples collected in Jan and Feb 2020 and (2) phylogenetic evidence showing genetic relationships of sequenced viruses.

For (1), the @seattleflustudy has gone back and tested retrospective samples collected between Jan 1 and March 10 in our research assay. These samples were collected as part of our study of respiratory infections in the Seattle area.

All samples were from individuals suffering acute respiratory infection with a subset having influenza-like illness. Individuals with undiagnosed COVID-19 should be picked up with these symptom criteria.

We tested 3600 samples collected in Jan 2020 for COVID-19 status and found zero positives. We tested 3308 samples collected in Feb 2020 and found a first positive on Feb 21 with a total of 10 samples testing positive in Feb.

Additionally, we confirmed that these samples from acute respiratory infections from Oct 2019 through Feb 2020 contained a variety of different viruses including influenza, RSV, rhinovirus, metapneumovirus and seasonal coronavirus.

As you may know, seasonal coronaviruses are responsible for ~30% of common colds and are easily distinguished from #SARSCoV2 (the virus responsible for COVID-19) in molecular assays. There is no chance of confusion between these in our assay.

It's empirically true that the Seattle flu season in Oct through Jan was not the result of COVID-19. We would have seen it in these data. Given travel connections between WA and CA there is no way that COVID-19 was widely circulating in CA, but we see zero cases in WA.

老福注：最后这段有点绕，是说尽管只测了2020年1月1日到3月10日的样本是否新冠病毒阳性，如果从去年10月到今年1月新冠病毒已经广泛传播的话，（几乎）不可能今年一月份的样本没有一个新冠阳性，所以这段时间（去年10月到今年1月）WA（华盛顿州）没有新冠病毒广泛传播；由于WA和CA（加州）的紧密联系（人员交流），如果CA新冠病毒在这段时间段早已流行的话，WA也（几乎）不可能是0感染。这个研究提供了很强的证据说明至少美国西海岸的新冠病毒是外源性（从美国其它部分或美国以外）的。

老福再注：因为twitter原文只讨论了CA和WA,所以我根据道长的意见，修改了一下上一段。不过，我认为这个研究确实是全美国新冠病毒是外源性的很强证据，只不过逻辑链条要长一点：如果新冠病毒已经从去年十月（flu season的开始）就开始在美国各地传播，即使是一个传染性较小的弱化新冠病毒版本，也有很大概率在一月份传播到作为经济重镇的西雅图，从而大概率应该在西雅图样本里表现出来。现在西雅图一月样本里根本没有，所以新冠病毒从去年十月已经在美国传播的可能性很小。

水风

这个只说明华盛顿州的西雅图地区的新冠是外源的。不能说明美国的都是外源的。

所以您最后一句最好改一改。

史节

任何企图把疫情爆发安在美国的人都是着了人家的道的蠢货。

水风

不是针对您个人，只是引用的时候，请一定要忠于原文。

顺便说一句，我对于赵立坚的做法非常反感。主要原因就是他道听途说，然后不加验证的直接引用。作为闲谈的谈资可以。但你是一个国家的脸面和声音啊。

我们不要盲目的假爱国，也不要冲动。实事求是的就事论事就够了。

老福

水风 发表于 2020-4-15 08:09
这个只说明华盛顿州的西雅图地区的新冠是外源的。不能说明美国的都是外源的。

所以您最后一句最好改一改。 ...

因为twitter原文只讨论了CA和WA,所以我修改一下。不过，我认为这个研究确实是美国新冠病毒是外源性的很强证据，只不过逻辑链条要长一点。

如果新冠病毒已经从去年十月（flu season的开始）就开始在美国各地传播，即使是一个传染性较小的弱化新冠病毒版本，也有很大概率在一月份传播到作为经济重镇的西雅图，从而大概率应该在西雅图样本里表现出来。现在西雅图一月样本里根本没有，所以新冠病毒从去年十月已经在美国传播的可能性很小。

zilewang

水风 发表于 2020-4-15 08:26
不是针对您个人，只是引用的时候，请一定要忠于原文。

顺便说一句，我对于赵立坚的做法非常反感。主要原因 ...

宣传战场怎么能实事求是和就事论事。。。这两个词就是对全世界宣传部门的最严重侮辱与攻击。

以中国的体制，赵的做法不会是个人行为，可能就是宣传战场上的大棋，你抹黑我，我就抹黑回去。搞了一次火力侦察。

indy

zilewang 发表于 2020-4-14 21:41
宣传战场怎么能实事求是和就事论事。。。这两个词就是对全世界宣传部门的最严重侮辱与攻击。

以中国的 ...

参见这篇日志后面的精彩讨论

http://www.aswetalk.net/bbs/home ... o=blog&id=85966

水风

老福 发表于 2020-4-15 09:27
因为twitter原文只讨论了CA和WA,所以我修改一下。不过，我认为这个研究确实是美国新冠病毒是外源性的很强 ...

这个逻辑可以讨论，但并不能得出结论。

这个讨论的前提是美国已经开始大流行了。我们知道事实并不是这样的。现在业界普遍承认的是，在病毒大流行之前，除非是特别强的毒株，病毒会先在人群中流行一阵，然而，并不具有后来我们看到的那么强的致病性或者症状，所以我们一开始并没有注意到。然后，等在人群中累积了足够的突变所带来的强大传播性和临床症状以后，才会被传染病监控系统注意到。艾滋病是如此，这次以及上次的新冠大概都是如此。但埃博拉并不不是，因为太厉害了，一出现就强势出击搞死人。

所以，用现有的临床症状知识去追寻当初covid-19在美国或者其他地区，包括中国大陆的流行和传播，是根本不可能得到任何东西的。这么烈性的传染病，不会有任何政府会掩盖其存在。顶多在传染人数上做做手脚。所以，covid-19就是在大陆开始爆发，然后传到全国，然后传到东亚，欧洲，美洲和非洲，以至于全世界。

这个无从辩驳，事实就是如此。但你要找寻源头，那就是另外一件事情。

有件事情我一直没有提到，就是所谓的无症状感染者，因为我认为现有的大部分检测根本就没有将这部分囊括在内。除了中国大陆，其它地方根本就是连轻症都顾不上了。但是西方，而不是大陆最先提到了这个概念，并且提出有接近一半的传染者，不会具有任何症状。远高于我们早期检测所得到的10%-20%的范畴。

我当时听到就感觉非常奇怪。因为，这个概念最早并不是由临床数据所得到的，而是由数学模型所推导出来的，因为在3月20在<nature>上发表的这篇文章（实际上接受在3月12，投稿用的数据是截至2月18），所有的临床数据就是1：日本撤侨，13个被确认的患者中有4个（31%）没有出现任何症状。2：钻石公主号上18%被确诊的700多人没有出现症状。但是，我们知道有潜伏期的。这批文章在潜伏期结束前就发表了，所以我们并不知道最终钻石公主号上的无症状患者到底有多少。但应该远低于40-60%的比例。

从病毒学上来看，这类没有症状的患者，感染的病毒可能是低毒的，也有可能是因为个体差异，还有一个可能就是潜伏期。潜伏期这个我们先不去讨论，个体差异在大样品数量的时候是可以忽略不计的。我们在这里讨论低毒的问题。低毒有几个可能，一个是病毒是属于早期的原始类型，因为它本身的毒性低，所以大家才注意不到。一个是属于晚期的进化类型，就是从高毒性的进化成了低毒性的。大多数病毒传播都会出现这种现象。这也是牛痘疫苗得以出现的理论和实践基础。

如果自然杂志上那篇文章是对的话，那么高达一半数量的无症状或者轻微症状感染者，实际上很多都是由原始型的病毒感染的，只有很少一部分（至多10-15%）是由现在知道的致病的病毒株造成的。因为在目前新冠还处于大流行期间。理论上，出现大量的进化后低毒型病毒的可能性非常小。要不然就不会有大流行了。

如果我们把时间再往前拨一下，那么在去年12月之前，几乎所有的病毒都属于原始病毒，那么所有的感染者能产生的症状都是轻微甚至根本感受不到。就跟其余四个新冠病毒一样。按照美国这边的医疗规则，根本就不会有人去找医生查什么流感，因为你根本就没有症状。而且3300多个样品数对西雅图75万人口来说，也远没有达到饱和检测的数量。所以，这篇文章能告诉我们的，就是在2月份之前，西雅图地区没有这次大爆发的新冠病毒性传染发生。并不能告诉你美国，甚至于西雅图有没有原始病毒的存在。

水杉

水风 发表于 2020-4-15 21:08
这个逻辑可以讨论，但并不能得出结论。

这个讨论的前提是美国已经开始大流行了。我们知道事实并不是这样 ...

俺一直有个疑问：感染时的病毒量会不会和感染后症状有关。如果被较小的病毒量感染时，会不会成为无症状感染者？或者在自身免疫系统作用下，成为抗体阳性者。

机器猫

水风 发表于 2020-4-15 21:08
这个逻辑可以讨论，但并不能得出结论。

这个讨论的前提是美国已经开始大流行了。我们知道事实并不是这样 ...

道长你这个理论，根基在于无症状感染者感染的可能是一种低毒的病毒，跟爆发的病毒不完全一样。但是这个理论的漏洞在于，现在全世界对无症状感染者已经研究了那么久了，似乎并没有能得出这个结论。
另外，如果这种低毒的病毒存在的话，那不就是天然的疫苗吗？能有这么好的事儿？

从另外一个角度来说，这次爆发的病毒当然是不会是凭空产生的，肯定是从什么东西变异而来的。这话等于没说。人还是从猩猩变异来的呢。如果非要说西雅图在1月其实是很有可能有病毒变异前的版本，那就跟说为什么人口普查没有把猩猩包括进去一样的逻辑

老财迷

我个人认为病毒起源于哪都无所谓，出现了大流行，全球团结一致打败病毒就行了。
但是中国很多百姓为何纠结于起源呢？还是因为美国国务卿蓬佩奥先抹黑中国，中国反击。

扯远了，说回来，就事论事，你的逻辑链条可能有瑕疵：
1. 弱版本的新冠病毒，在人身上传播时，可能不产生流感症状。而本次找到的流感症状病人的样本，确实与新冠无关。因此，从流感样本中未检出新冠阳性
2. 现在的检测手段，只能检测出现在版本的新冠病毒，而不能检测出弱版本的新冠病毒

至少有2位美国科学家说过：新冠病毒可能在人类传播了几个月、几年、十几年。如果这个成立，肯定会在美国有过传播，但目前没检测出来。当然也肯定会在中国传播，然后很倒霉的，在武汉变异导致爆发了

以下是引用：
据美国有线电视新闻网（CNN）4月4日报道，美国哥伦比亚大学公共卫生学院感染与免疫中心主任利普金表示，新冠病毒可能不仅是过去几个月中来自蝙蝠，而是有可能数月甚至数年前就进入了人类体内，最终转变为“人传人”的致命病毒。
“我认为它可能在人类中传播了一段时间。”利普金说：“多久？ 我们可能永远不会完全重建这一过程……它可能已经流传了几个月甚至几年时间。”
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杜兰大学医学院教授罗伯特·加里接受美国广播公司专访时表示，武汉海鲜市场不是新冠病毒源头。加里说：“我们的分析以及其他一些分析都指向了比那更早的起源。武汉那里肯定有一些病例，但绝不是该病毒的源头。”加里称，表面蛋白的突变可能是触发这次新冠病毒大流行的原因，但是在积累到目前情况之前，这种病毒的较弱版本已经在人群中传播了数年，甚至几十年。我们从对其他冠状病毒的研究中得知，病毒能够获得这种变异，然后它们会变得更具致病性。这很好地解释了为什么这种病毒如此容易传播并导致了目前的大流行。”此前，加里教授的团队在《自然医学》发表的论文中得出结论，新型冠状病毒源于自然。

老福

老财迷 发表于 2020-4-16 00:16
我个人认为病毒起源于哪都无所谓，出现了大流行，全球团结一致打败病毒就行了。
但是中国很多百姓为何纠结 ...

你说得对，从严格科学逻辑的角度，没有足够证据。

老福

水风 发表于 2020-4-15 21:08
这个逻辑可以讨论，但并不能得出结论。

这个讨论的前提是美国已经开始大流行了。我们知道事实并不是这样 ...

从科学的角度，确实推论不严谨。可能我浸润统计学久了，任何推理基本是从概率的角度，对待证据总是由可能性大小来判断，这样逻辑路线会有漏洞。

鳕鱼邪恶

机器猫 发表于 2020-4-15 23:36
道长你这个理论，根基在于无症状感染者感染的可能是一种低毒的病毒，跟爆发的病毒不完全一样。但是这个理 ...

你这个帖子很难答复吖。。用一个网络段子解释吧：

医生：你回去吃这个药这个药，这么吃这么吃，就好了。
你： 医生，可是百度说。。
医生：€%$%

张宏文医生说：姑娘，你要做的就是相信医生～

水风

机器猫 发表于 2020-4-15 23:36
道长你这个理论，根基在于无症状感染者感染的可能是一种低毒的病毒，跟爆发的病毒不完全一样。但是这个理 ...

你说的没错。请看上面老财迷的回复。当然大家都是在推测了。我们所说的，只是一种可能。还有一种可能就是跟埃博拉一样，传上就是非常高毒性，高传染性的。那样的话，covid-19起源于海鲜市场就成了定论了。大家啥都不要说了。

但是业界基本上还是偏向于渐进的这样一个模型。就是早期的病毒毒性低，传染性也低。所以即使存在了很久，大家也没有发觉。这个模型有更多的旁征。比如说6种已知的新冠病毒，四种都是如此存在的。因为没有毒性和感染性，即使被感染了，也只不过是感觉跟感冒，还是比较轻微的一样。还有关于艾滋病毒的研究也是。

现在大家研究的无症状患者里面，绝大多数的都是大流行的新冠病毒以及这些病毒的后代，就是可能的弱化的病毒。因为早期的病毒，即使它的确存在，也会被现在大规模的新病毒所稀释。很难发现了。更有甚者，因为那些高毒高传染性的突变，即使以前被原始型的病毒感染过，现在依然会被感染。然后以前存在的病毒的痕迹都被冲刷的无影无踪了。

我们可以说，即使有这种流行了几个月，甚至几年十几年的原始病毒存在。他们跟我们现在的covid-19之间的差别，说不定就跟黑猩猩跟我们一样大。但溯源么，不就是找寻出最早的源头么？这次具有高毒性高传染性的covid19就是从武汉开始传播的。这是事实。我们要找的，只能是突变前的。

如果你比较了解艾滋病的溯源研究，你就会比较熟悉这套路了。实际上，非洲存在的原始艾滋病毒对人类的危害，可以说并不大。它的最主要的危害，就是进化出后来的艾滋病毒。也就是从1980年才开始被人所知的那种。我们要找的新冠病毒，也是如此。

水风

水杉 发表于 2020-4-15 23:05
俺一直有个疑问：感染时的病毒量会不会和感染后症状有关。如果被较小的病毒量感染时，会不会成为无症状感 ...

我认为感染量跟潜伏期成正比关系。当然只是推测了。

一般说来，感染有个门槛，不超过那个槛值的，绝大多数被感染者都会直接把病毒给清除掉。他们用什么都不会被检测出来。因为根本就没被感染上。而超过槛值的，会造成感染。我目前还没有看到一个全面的对于无症状感染者产生作出的解释。只能说说我的推测。

简言之，就是个体不同。这里面包括年龄，身体健康程度，自体的免疫水平高低，还包括饮食，心理状态，等等。我认为还有一个方面，就是像艾滋病有天然的免疫者一样，对于新冠，也存在类似的这种人。他们因为受体蛋白发生变化，所以病毒的感染速度，远比其他人要慢。也就是病毒复制起来特别慢，这样子，很多人就成为无症状的携带者。还有一种可能，就是存在天然的抗体，不能完全中和病毒的，但可以消除一部分。所以他们的病毒浓度始终上不去。但抗体阳性的携带者还是比较罕见的。或许能解释个别病例，但在流行病学上，应该不予考虑。

机器猫

水风 发表于 2020-4-16 01:23
你说的没错。请看上面老财迷的回复。当然大家都是在推测了。我们所说的，只是一种可能。还有一种可能就是 ...

我不是反驳你说的这种模型，我只是觉得这个逻辑链有点问题。
除非这种病毒是人造出来的（现在不讨论这种可能性），它肯定是从某种原来不会爆发的东西变异过来的。那么这种变异前的东西还叫“新冠病毒”吗？当然也许有一天科学家真找到了这种病毒，然后发现它跟新冠太像了必须得是同一个名字。但是在这之前我觉得我们可能不能管它叫新冠病毒了。所以前面老福说“所以新冠病毒从去年十月已经在美国传播的可能性很小”这个到目前没有证据证明是错的。
至于说的也许美国在这之前可能有变异前的版本存在，当然也不能说是错的。但是至少目前没有证据支持。

否则的话那所谓的溯源就有点奇怪了。艾滋病目前溯源到非洲。但是非洲的“原始艾滋病”显然也得是从什么东西变异来的。但是在我们真的找到那东西之前，我们不能说“其实可能全世界本来到处都是艾滋病变异前的，只是在非洲变异成了原始艾滋病”

或者换个说法：老福说的是目前证据下可以得到的结论，你说的是可以讨论的未经证实的可能

水风

机器猫 发表于 2020-4-16 03:46
我不是反驳你说的这种模型，我只是觉得这个逻辑链有点问题。
除非这种病毒是人造出来的（现在不讨论这种 ...

我肯定这种病毒还叫冠状病毒。但肯定不是covid-19。至于叫什么，等找到以后才能再谈这个问题。

前面老福说“所以新冠病毒从去年十月已经在美国传播的可能性很小”。如果老福指的是covid19，那么他说的非常正确。

如果他指的是以前的原始病毒，（假定有的话），那他这句话到目前没有证据证明是错的，也没有证据证明是正确的。你知道要证明比证伪可是容易多了。只要有一个就可以证明，要证伪的话，从逻辑上讲，你需要把所有的可能性都证实一遍。而我们都知道这根本就是不可能的。

我从来没说过，covid19是起源自美国。严谨一点，就是无论是covid19本身，还是它的原始低毒形式（如果存在的话），是来源自美国。因为没有证据。当然，多少年以后美国政府某个机密文件泄密了，我的观念有可能会完全改变。就跟棱镜计划一样。

至于逻辑问题你想不通，我想不是我的问题。我只是提醒你，请不要改动、或者扭曲，或者空泛我的话。我从来没说过，“其实可能全世界本来到处都是艾滋病变异前的，只是在非洲变异成了原始艾滋病”。我只是说“原始的艾滋病毒在美国发展成了真正的具有威胁的艾滋病毒，并且传播开来”。而那原始的艾滋病来自非洲也不是我的个人创造，是已经发表文章的结论。

leekai

引用莳萝的话：就像有破落户闹到我家，我外婆把茶碗一放，抬眼看看身边的佣人，她自然会该骂骂，该打打。
不能自贬身价是一回事，不受委屈是另一回事。

机器猫

水风 发表于 2020-4-16 04:16
我肯定这种病毒还叫冠状病毒。但肯定不是covid-19。至于叫什么，等找到以后才能再谈这个问题。

前面老福 ...

“其实可能全世界本来到处都是艾滋病变异前的，只是在非洲变异成了原始艾滋病”当然不是你说的。但是你强调“西雅图地区没有这次大爆发的新冠病毒性传染发生。并不能告诉你美国，甚至于西雅图有没有原始病毒的存在”，在我看来这两个是同一个逻辑。注意：我不是在讨论你这句话的正确错误与否，只是在讨论你用它来反驳老福的话的这个逻辑链

另外我也不是在质疑你说的原始艾滋病来自非洲。我只是顺着这个逻辑推一下，在非洲的“原始艾滋病”又是从什么东西变异来的？

另外从自然哲学的角度来说，对于科学理论是没有“证明是正确”的，只能说是“理论上有证伪的可能，但是目前还没有被证伪，我们就当它是正确的”。所以说你的说法和老福的说法目前看都不是错的，都没有被证伪。但是你的说法显然需要假设的条件更多一些，所以我个人感觉说服力稍弱一点