基于“拔河”的HT Chip

喜欢喝冰茶

4 z' U# b  S+ d% S( V
最近的Nature methods和 biotechnology上谈到了一些基于“力”的High-throughput chip。超过100kb的长度，是现在热炒的NGS／3GS难以望其项背的。特别是对现在大家都不知道的重复性DNA区域的研究会有帮助，同时也对structural variation的理解有益。
9 z0 V2 i7 }4 m
事实上在“拔河”比赛中，至少对于protein，无论是实验技术还是计算技术都已经有一、二十年的历史。单分子力技术的发展中，加州的研究人员一直处于前列，例如现能源部长。但是最近大规模将其转换为应用领域的努力，对DNA整个的操作机理会有可以预见性的帮助，特别是对于临床，例如Cancer Genomics。
6 K3 E; n4 X3 \3 q, c
某种意义上来说，“拔河”比赛和"搭积木"是个相反的过程，看看等忙完手边儿的一些项目，有时间写个“搭积木”的姊妹篇，“我和春天有个约会”，哦！是和胖胖蛋白有个约会。

martian

有没有报道的链接?有兴趣了解一下,我是做ngs的.

喜欢喝冰茶

7 U/ a( f, b1 l, f7 r  h+ o+ ^

martian 发表于 2012-9-15 02:37
有没有报道的链接?有兴趣了解一下,我是做ngs的.

8 c  w9 z: f: j2 r. X
Mehods: DNA: stretch for the camera, http://www.nature.com/nmeth/journal/v9/n9/full/nmeth.2166.htm
$ E+ N8 Y6 j7 ?
. G& t1 C4 F6 D  \1 oMethods: Pulling on single molecules, http://www.nature.com/nmeth/journal/v9/n9/full/nmeth.2149.html
. R' h$ z0 V% C& J" S# G) P0 I这个似乎全文是免费的。
) f. z0 M; q5 _
Biotechnology: Genome mapping on nanochannel arrays for structural variation analysis and sequence assembly. Pubmed ID: 22797562

隧道

有点意思。没想到单分子力谱居然有这方面的应用。
' G& b( s$ l: \) Y6 \不过单分子力谱得到的数据有多可靠？收集数据有多快？

+ }( x  Y: j+ u3 m
" {6 o. q8 _8 G4 G' Q- U/ f/ s

喜欢喝冰茶

隧道 发表于 2012-9-25 02:05
有点意思。没想到单分子力谱居然有这方面的应用。
不过单分子力谱得到的数据有多可靠？收集数据有多快？

8 V$ e1 Y3 a2 U" a7 G4 i看着还行，开始出来的东西，不能指望太好。现在的microarray不也是经过十几年的发展才到现在的精度吗？
1 t. I; K! M0 H6 z+ [  @* ^
慢慢来，至少部分的能够得到一些3D的信息了，现在的HT技术还做不到。