基于“拔河”的HT Chip

喜欢喝冰茶

2 n2 b* k, `% {1 i/ m. a  N' f最近的Nature methods和 biotechnology上谈到了一些基于“力”的High-throughput chip。超过100kb的长度，是现在热炒的NGS／3GS难以望其项背的。特别是对现在大家都不知道的重复性DNA区域的研究会有帮助，同时也对structural variation的理解有益。
- A5 f8 Y- w2 S5 [* P; v
+ ]+ j: T, R+ a- N: I* M事实上在“拔河”比赛中，至少对于protein，无论是实验技术还是计算技术都已经有一、二十年的历史。单分子力技术的发展中，加州的研究人员一直处于前列，例如现能源部长。但是最近大规模将其转换为应用领域的努力，对DNA整个的操作机理会有可以预见性的帮助，特别是对于临床，例如Cancer Genomics。
) g6 s/ o, q7 g
+ i7 e' Z3 g$ w7 ]! ^0 ~# ~* E某种意义上来说，“拔河”比赛和"搭积木"是个相反的过程，看看等忙完手边儿的一些项目，有时间写个“搭积木”的姊妹篇，“我和春天有个约会”，哦！是和胖胖蛋白有个约会。

martian

有没有报道的链接?有兴趣了解一下,我是做ngs的.

喜欢喝冰茶

martian 发表于 2012-9-15 02:37
有没有报道的链接?有兴趣了解一下,我是做ngs的.

Mehods: DNA: stretch for the camera, http://www.nature.com/nmeth/journal/v9/n9/full/nmeth.2166.htm

2 h) f3 h4 `- D0 G5 UMethods: Pulling on single molecules, http://www.nature.com/nmeth/journal/v9/n9/full/nmeth.2149.html
% R5 C9 r1 T. |5 {% ?6 b这个似乎全文是免费的。

$ E& e) Z7 T+ [/ F) gBiotechnology: Genome mapping on nanochannel arrays for structural variation analysis and sequence assembly. Pubmed ID: 22797562

隧道

有点意思。没想到单分子力谱居然有这方面的应用。
1 Z2 ~- y. R/ U4 c9 o) g1 m. N不过单分子力谱得到的数据有多可靠？收集数据有多快？

/ ]( G( g$ d9 Z# ]2 ^- z
6 F1 M# T( s! K- P

喜欢喝冰茶

隧道 发表于 2012-9-25 02:05
有点意思。没想到单分子力谱居然有这方面的应用。
/ @# }  |4 \0 v& v  U1 v! Y1 [. w不过单分子力谱得到的数据有多可靠？收集数据有多快？

4 T( x( d5 B+ p/ X* M* ?% Z/ P看着还行，开始出来的东西，不能指望太好。现在的microarray不也是经过十几年的发展才到现在的精度吗？

; y9 V9 C0 W0 m/ p3 Y慢慢来，至少部分的能够得到一些3D的信息了，现在的HT技术还做不到。