MacArthur 发表于 2013-10-6 16:17
这就是基因BLAST算法的标准定义嘛。。。4 a# o% }. d0 J' V: b# [* Q
3 u6 Q' i8 s4 j6 m
Google "Blast算法",一堆开源程序。
MacArthur 发表于 2013-10-7 06:17
这就是基因BLAST算法的标准定义嘛。。。
; j8 w8 s! t$ m& }4 V. V
Google "Blast算法",一堆开源程序。
string1: TACGGCATGGCTATCGTAGCTAG
string2: GCTAT9 s; m4 d0 r/ P+ n7 i! U
2 `4 V6 S# p1 o1 S1 J/ e: t
要求在string1里找到string2的位置,如果存在多个的话,都要找出来。
如果两个字符串是这个样子2 {! Q8 @4 ~$ L4 I- }/ V2 F* T$ l
( Y' p% E5 O! x: C$ G
string1: AAAAAATTTTCCCCCGGGTTTTAAAACCCCCCGG5 T3 t1 v' k2 y$ t; r4 g
string2: TTAAA
喜欢喝冰茶 发表于 2013-10-7 10:35 & c4 ^$ T6 F) e
当然要省很多时间,因为不需要对string1一个一个比了!!!, K3 U6 S" q; ~& N! i0 O
8 Z& Y+ }1 p% b l! {
string1可以写成:
chalet 发表于 2013-10-10 22:06 ! o0 I, `: Z9 j- |4 f
欢迎欢迎。! j, j/ m% H: C+ T* D) ?; Z
" k' c/ U6 H9 n' m1 `
如果说硬要分类,这个应该还是属于生物信息学领域吧,在科教学圃应该很对口啊。
喜欢喝冰茶 发表于 2013-10-11 23:06 3 v0 ^ ~3 k b; {4 u
握握手,看起来也是生物计算的啊,现在在做什么?7 L0 y9 s: W7 l0 l% |! A F2 J
还没想好怎么写,涉及的范围得控制一下,要不太大了, ...
chalet 发表于 2013-10-11 20:29
我可不是作生物计算的,是学临床医学出身的,而数学正是我的致命伤,哭啊~~~" [& G$ H6 c" S$ C# C$ C
那是上一轮生物技术泡沫的时 ...
喜欢喝冰茶 发表于 2013-10-12 15:10 1 F9 `* [6 o- G
兄弟原来是医生,幸会幸会,我的很多合作者都是MD。3 ~( `" z1 S- a9 [- [3 N7 S5 r/ r
: x& l! F4 \. i5 w! j* q, ]
呵呵,03年太早了,HGP刚完成,那会儿还没看出个所 ...
chalet 发表于 2013-10-12 03:12 6 A! [: g9 J d# o2 a4 a( r
非常赞同你说的。确实当年我去那家公司的时候,他们拿手的是cDNA表达谱芯片,后面的事实证明,这个层面的 ...
喜欢喝冰茶 发表于 2013-10-13 15:04 ' {3 D7 u! O5 X
cDNA算是经典的array了,该不会在程氏公司吧~_~。现在mRNA的expression,特别是经典的几十个癌症基因的 ...
chalet 发表于 2013-10-13 21:20
我对当前这个领域的研究有2个观点:6 K( J8 j3 F2 c6 G# R# T8 f0 w
1. 当前这种研究思路,有点花大本钱做剥丝抽茧的小事的味道。一方面 ...
一叶飞刀 发表于 2014-11-15 07:01: w8 x" T, F k
关于字符串匹配,应当已经解决完毕了,大概不会有更高级的算法了。* q. ~) K7 F+ H: u
$ M) U+ \, o0 g! t$ e
从S中找ss简单匹配算法为用ss的第一个 ...
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