MacArthur 发表于 2013-10-6 16:17" Y5 \2 e) h! a
这就是基因BLAST算法的标准定义嘛。。。
# A6 M# U' u! i* M" B
Google "Blast算法",一堆开源程序。
string1: TACGGCATGGCTATCGTAGCTAG
string2: GCTAT6 p& G* p9 T' T7 K
0 _% s! v/ c' @* x! U9 D' P! u
要求在string1里找到string2的位置,如果存在多个的话,都要找出来。
如果两个字符串是这个样子) N& |; X1 W0 f& d1 |
9 e$ C) D! o+ J
string1: AAAAAATTTTCCCCCGGGTTTTAAAACCCCCCGG9 A- H1 C( `2 Z" Z' h6 u
string2: TTAAA
MacArthur 发表于 2013-10-6 16:17" l2 X6 l" O" v4 ~7 {( o& E
这就是基因BLAST算法的标准定义嘛。。。# E: M& v0 S0 Z. M6 n
$ {) \3 j+ \4 H; F s% b# I8 R1 T
Google "Blast算法",一堆开源程序。
喜欢喝冰茶 发表于 2013-10-6 21:38" p# _) \% r4 T( b! d8 ]
blast并非只是解决基因的问题,蛋白同样适用,只不过相对于DNA/RNA而言,蛋白质要复杂得多。 ...
chalet 发表于 2013-10-10 22:06& v( r$ }/ }2 `7 X+ Y
欢迎欢迎。# t" W- H- H9 \9 H' ]! j% r' x. y
# B @# c9 u1 k, {" [* F8 P3 v
如果说硬要分类,这个应该还是属于生物信息学领域吧,在科教学圃应该很对口啊。
喜欢喝冰茶 发表于 2013-10-11 23:06' f2 G$ W! \ K1 k c8 G: D
握握手,看起来也是生物计算的啊,现在在做什么?
- d% s) c* }* v: [* G) z- p
还没想好怎么写,涉及的范围得控制一下,要不太大了, ...
chalet 发表于 2013-10-11 20:29" r: d) q& |" h, ~6 V/ M; l1 B% T0 C! W
我可不是作生物计算的,是学临床医学出身的,而数学正是我的致命伤,哭啊~~~
那是上一轮生物技术泡沫的时 ...
喜欢喝冰茶 发表于 2013-10-12 15:10' h6 h% }+ S1 P/ A K/ U
兄弟原来是医生,幸会幸会,我的很多合作者都是MD。' v$ e! C2 `- e, \8 [& F! V
呵呵,03年太早了,HGP刚完成,那会儿还没看出个所 ...
chalet 发表于 2013-10-12 03:124 A2 S6 ]7 s. \" H' e% Z3 f+ m* w2 S
非常赞同你说的。确实当年我去那家公司的时候,他们拿手的是cDNA表达谱芯片,后面的事实证明,这个层面的 ...
喜欢喝冰茶 发表于 2013-10-13 15:04# }% O. x2 ]! d# |! A8 D. e/ O
cDNA算是经典的array了,该不会在程氏公司吧~_~。现在mRNA的expression,特别是经典的几十个癌症基因的 ...
一叶飞刀 发表于 2014-11-15 07:01- y: F- c# H9 @2 ^
关于字符串匹配,应当已经解决完毕了,大概不会有更高级的算法了。! X$ [4 S% Y+ v
从S中找ss简单匹配算法为用ss的第一个 ...
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