MacArthur 发表于 2013-10-6 16:175 K% |" h) ?9 S, j6 N! I* F
这就是基因BLAST算法的标准定义嘛。。。0 E, r- X6 Y; S3 E6 s2 X
Google "Blast算法",一堆开源程序。
MacArthur 发表于 2013-10-7 06:17S8 X" R' f' @0 c; c2 r: t3 J
这就是基因BLAST算法的标准定义嘛。。。
Google "Blast算法",一堆开源程序。
string1: TACGGCATGGCTATCGTAGCTAG
4 R) j0 G8 Z& r: j- H) u( K& B
string2: GCTAT
$ N- q$ v: P- H0 A
要求在string1里找到string2的位置,如果存在多个的话,都要找出来。
如果两个字符串是这个样子) f5 l# U g% @* E9 k4 S
string1: AAAAAATTTTCCCCCGGGTTTTAAAACCCCCCGG
string2: TTAAA
MacArthur 发表于 2013-10-6 16:17$ V& y! A7 K& m1 ~2 h
这就是基因BLAST算法的标准定义嘛。。。
' l/ {; `/ E8 U q4 D2 ?
Google "Blast算法",一堆开源程序。
喜欢喝冰茶 发表于 2013-10-6 21:38% k$ {" |1 r0 t& l9 n5 G
blast并非只是解决基因的问题,蛋白同样适用,只不过相对于DNA/RNA而言,蛋白质要复杂得多。 ...
MacArthur 发表于 2013-10-6 21:356 ?, C/ _0 q' t: E3 l0 X* ]& E
不明觉厉。。。 上Billion字节的操作,想想就头大。。。 这个规模是不是得上并行计算了?4 E* x5 O, }$ f' n5 m5 c8 v# A* H
...

D7 ~; ^7 w! Q" ]chalet 发表于 2013-10-11 20:29
我可不是作生物计算的,是学临床医学出身的,而数学正是我的致命伤,哭啊~~~ m' T+ ]5 m8 ^% f4 l9 `/ |
那是上一轮生物技术泡沫的时 ...
喜欢喝冰茶 发表于 2013-10-12 15:10* f5 R5 c" @" D0 B9 Z
兄弟原来是医生,幸会幸会,我的很多合作者都是MD。+ D6 E% l/ J$ m8 D8 |) Z7 I% n
呵呵,03年太早了,HGP刚完成,那会儿还没看出个所 ...
chalet 发表于 2013-10-13 21:20/ w" b9 g0 T7 o
我对当前这个领域的研究有2个观点:5 Z. V U' x2 [8 |+ [7 D4 r
1. 当前这种研究思路,有点花大本钱做剥丝抽茧的小事的味道。一方面 ...
一叶飞刀 发表于 2014-11-15 07:01; a, }% F7 C& L' r1 C5 @5 c9 M
关于字符串匹配,应当已经解决完毕了,大概不会有更高级的算法了。/ Y* X5 h! S4 S2 [' v7 U1 \% \; i
" j$ F( f& ~$ I R8 W
从S中找ss简单匹配算法为用ss的第一个 ...
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