MacArthur 发表于 2013-10-6 16:17) F# p; Z1 k G' ^) b
这就是基因BLAST算法的标准定义嘛。。。; X; e) Q0 W) g0 z+ h
- P, a1 w$ F+ ^1 F$ a& B
Google "Blast算法",一堆开源程序。
string1: TACGGCATGGCTATCGTAGCTAG- H2 a( x; Z2 b; F0 K$ a
string2: GCTAT
- B4 L7 V; V$ R: s& s
要求在string1里找到string2的位置,如果存在多个的话,都要找出来。
如果两个字符串是这个样子3 J7 _+ J p7 h5 y X
* v9 U' [1 R2 X7 |
string1: AAAAAATTTTCCCCCGGGTTTTAAAACCCCCCGG
string2: TTAAA
喜欢喝冰茶 发表于 2013-10-6 21:389 b, |4 d6 h: h) M2 S+ ?( n5 J0 G
blast并非只是解决基因的问题,蛋白同样适用,只不过相对于DNA/RNA而言,蛋白质要复杂得多。 ...
喜欢喝冰茶 发表于 2013-10-9 10:436 ?# x2 I/ Y8 G- t/ q
这个帖子里的东西,看起来似乎是一个简单的计算问题,但是却很可能是一场改变人类健康革命的基础。正是由于 ...
喜欢喝冰茶 发表于 2013-10-11 23:06x6 X: ] I3 }$ u0 H
握握手,看起来也是生物计算的啊,现在在做什么?
I! ^: H3 q7 Z: m
还没想好怎么写,涉及的范围得控制一下,要不太大了, ...
chalet 发表于 2013-10-11 20:29/ E- t' A. i. `" O- }: Q, U
我可不是作生物计算的,是学临床医学出身的,而数学正是我的致命伤,哭啊~~~+ F- _6 s$ Q, H7 ~5 |7 G
那是上一轮生物技术泡沫的时 ...
喜欢喝冰茶 发表于 2013-10-12 15:106 P+ ? {, l4 S% `, D3 ~; i9 q
兄弟原来是医生,幸会幸会,我的很多合作者都是MD。
呵呵,03年太早了,HGP刚完成,那会儿还没看出个所 ...
chalet 发表于 2013-10-13 21:207 f( ^* q! ]; R& \) _
我对当前这个领域的研究有2个观点:
1. 当前这种研究思路,有点花大本钱做剥丝抽茧的小事的味道。一方面 ...
一叶飞刀 发表于 2014-11-15 07:01
关于字符串匹配,应当已经解决完毕了,大概不会有更高级的算法了。3 o" E3 J% W$ q. O) E* G- D d! s* Q
从S中找ss简单匹配算法为用ss的第一个 ...
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