梁佳: 英国剑桥大学昨天发表论文
英国剑桥大学昨天发表论文，认为新冠病毒A类是病毒爆发的根源，而A类集中出现在美国和澳洲，出现于武汉的病毒属于B类，是从A类变异而来。这篇论文发表于美国科学院院刊，如果结论属实，对中国和全球华人都是一件幸事。
剑桥大学发表关于新冠病毒的几个变种和传播路径的研究报告。
报告指出，新冠病毒分三个变种：A、B、C。A类病毒更多发现于美国和澳洲的受感染者。A类在武汉只有极少案例，且来源于在武汉生活过的美国人。A类和从蝙蝠、穿山甲身上提取的病毒最为相似。研究人员称A类病毒为“爆发根源”（ “the root of the outbreak” ）。
B类毒株是中国境内（即武汉）主要类型，且并没有传播出东亚地区。
C类病毒是欧洲主要类型。亚洲地区的香港，新加坡，韩国皆有此类型。且没有在中国大陆发现。
研究人员认为，A类毒株C类型演化自B，B类型演化自A。
研究人员采用的研究方法，此前主要被运用于通过研究DNA来追踪史前人类的人口流动。此次是首次运用在追踪新冠病毒的传播路径（“These techniques are mostly known for mapping the movements of prehistoric human populations through DNA. We think this is one of the first times they have been used to trace the infection routes of a coronavirus like COVID-19.”
另外，论文今天发表在PNAS （美国科学院院刊），论文链接：
https://www.pnas.org/content/early/2020/04/07/2004999117龙的天空 https://www.cam.ac.uk/research/news/covid-19-genetic-network-analysis-provides-snapshot-of-pandemic-origins 看后续跟进 本帖最后由 cooker 于 2020-4-11 11:19 编辑
我读了两遍原文，得不出楼主的结论啊。仅仅根据论文所掌握的数据，我怎么觉得致病的病毒最早还是从武汉(补充一下，应该说从中国)开始突变的？
https://www.pnas.org/content/pnas/early/2020/04/07/2004999117/F1.large.jpg cooker 发表于 2020-4-11 08:00
我读了两遍原文，得不出楼主的结论啊。仅仅根据论文所掌握的数据，我怎么觉得致病的病毒最早还是从武汉开始 ...
这张图看着尤其明显，中国看着是起源地。 本帖最后由 Potscher 于 2020-4-11 10:27 编辑
文章按某种方法给不同病毒样本排了个辈分，讨论辈分关系，没有讨论起源，但是有明显暗示武汉不是起源地的意味，即“B类毒株是中国境内（即武汉）主要类型，且并没有传播出东亚地区”。 While the ancestral B type is monopolized (26/26 genomes) by East Asians, every single (19/19) B-type genome outside of Asia has evolved mutations. This phenomenon does not appear to be due to the month-long time lag and concomitant mutation rate acting on the viral genome before it spread outside of China.
假设某种蝙蝠提取的病毒为始祖，排辈结果如下：
蝙蝠 --> 种群A-->种群B -->种群C。
需要专业人士解读。 文章好像还是支持以前的一个假设，新冠的不同类型同时在世界流行，武汉只是一个版本。
非专业阅读理解 ，其他叙述基本一致， A群的情况应该是：种群A 有两个亚群，以是否具有T29095C突变为区分。具有 T29095C的T 亚群采样源于四个广东人；三个日本人和两个美国人（有武汉居住史）分在同亚群，但是他们表现出比广东人更多的突变。没有T29095C的亚群更为复杂，采样来源于武汉，东亚诸国，美国， 和澳大利亚，其中15/33的样本来源于东亚以外（主要是美澳）。
Potscher 发表于 2020-4-10 21:12
文章按某种方法给不同病毒样本排了个辈份：假设某种蝙蝠提取的病毒为始祖，排辈结果如下，蝙蝠 --> 种群A-- ...
@燕庐敕@cooker @leekai
坦里 @怎这样呢同学对这篇文章有独到见解，还有继续讨论沟通 燕庐敕 发表于 2020-4-11 08:10
这张图看着尤其明显，中国看着是起源地。
我就不回复楼主了，省得被人说什么。如果真是科学工作者，就要首先把立场放在事实上，而不是预设任何的判断，然后去找事实来解释。
这篇文章最有意思的是附图4.有兴趣的自己去看吧。我就不搬过来了。
图四说了几件有趣的事情，
1，如果蝙蝠是covid-19的直接来源，在进化树上把这个来源就给弄的很有意思了。
2，从不同样品的取样时间和在进化树上的位置来看，很可能流行远早于去年12月份。这个大家也基本成了公认。
3，第三、四个星期的样品位置很有意思。
但样品数还是太少。而且美国后来发表的序列也太少。很难做出结论。难道这就是美国近来不怎么发表新序列的原因么？ Potscher 发表于 2020-4-11 10:12
文章按某种方法给不同病毒样本排了个辈分，讨论辈分关系，没有讨论起源，但是有明显暗示武汉不是起源地的意 ...
完全同意你对B类毒株的解读，应该说现有证据强烈暗示武汉不是起源地。
但是现有的数据还是暗示A类毒株起源于中国, 除非能找到比那四个广东人更古老的。
本帖最后由 老福 于 2020-4-11 23:24 编辑
如果你读过这篇论文，作者明确提出A是源于武汉，这里没有模糊空间。
（老福注：我搞混了，作者在接受记者采访中说"Dr Forster told MailOnline that type A originally mutated into type B within China - but type C, the 'daughter' of B, evolved outside of the nation. " https://www.dailymail.co.uk/sciencetech/article-8204255/There-THREE-separate-types-coronavirus.html )
（老福再注：上面一句，不能作为作者观点的证据，我的理解不严谨。收回）
从科学上讲，子带比父代更流行是有可能的，父代比子代更流行不是必然的。两种可能性都存在，都是概率随机过程的某个路径。 老福 发表于 2020-4-11 11:16
如果你读过这篇论文，作者明确提出A是源于武汉，这里没有模糊空间。
从科学上讲，子带比父代更流行是有可 ...
俺英文不好，没有看出来。麻烦给个出处。 知识分子真是钢铁直男。泼妇骂街扣帽子泼脏水，你冲进去说论文讲证据？你咋不去跟塔利班宣传一下砍头不利健康呢？ 本帖最后由 老福 于 2020-4-11 12:07 编辑
cooker 发表于 2020-4-11 11:20
俺英文不好，没有看出来。麻烦给个出处。
不好意思，出处有两个：
（1） “Dr Forster told MailOnline that type A originally mutated into type B within China - but type C, the 'daughter' of B, evolved outside of the nation. ”https://www.dailymail.co.uk/sciencetech/article-8204255/There-THREE-separate-types-coronavirus.html
（2）论文本身没有非常直接说，但下面文字可以看作是旁证。我收回原来说作者在论文里直接说A源自中国的说法。
“There are two subclusters of A which are distinguished by the synonymous mutation T29095C. In the T-allele subcluster, four Chinese individuals (from the southern coastal Chinese province of Guangdong) carry the ancestral genome, while three Japanese and two American patients differ from it by a number of mutations. These American patients are reported to have had a history of residence in the presumed source of the outbreak in Wuhan. The C-allele subcluster sports relatively long mutational branches and includes five individuals from Wuhan, two of which are represented in the ancestral node, and eight other East Asians from China and adjacent countries. It is noteworthy that nearly half (15/33) of the types in this subcluster, however, are found outside East Asia, mainly in the United States and Australia.”
老福 发表于 2020-4-11 12:02
不好意思，出处有两个：
（1） “Dr Forster told MailOnline that type A originally mutated into type ...
真不好意思，看起来你英文比俺还差{:7_308:}
“Dr Forster told MailOnline that type A originally mutated into type B within China - but type C, the 'daughter' of B, evolved outside of the nation. ”这句话没有说type A的出处吧, 只是说type B是type A在中国突变形成的. 这个大家都认可啊。事实上只是已知数据中离蝙蝠最近的在中国，但已知数据离蝙蝠还是很遥远的，完全无法排除从东南亚或者别的地方传来的可能性。 cooker 发表于 2020-4-11 12:19
真不好意思，看起来你英文比俺还差
“Dr Forster told MailOnline that type A originally muta ...
你这样解释也可以，不过我认为我理解作者的意思没错。
(1) Indy的第二篇截图里说“...as it spread from China and Asia to Australia, Europe and North America".
(2) Researchers from Cambridge, UK, and Germany have reconstructed the early "evolutionary paths" of COVID-19 in humans -- as infection spread from Wuhan out to Europe and North America -- using genetic network techniques.(https://www.sciencedaily.com/releases/2020/04/200409085644.htm)
cooker 发表于 2020-4-11 11:15
完全同意你对B类毒株的解读，应该说现有证据强烈暗示武汉不是起源地。
但是现有的数据还是暗示A类毒株起 ...
https://www.thepaper.cn/newsDetail_forward_6911447 但他Forster 表示，不论是哪篇论文，目前仍无法就病毒的来源地给出一个明确的答案。 老福 发表于 2020-4-11 12:30
你这样解释也可以，不过我认为我理解作者的意思没错。
(1) Indy的第二篇截图里说“...as it spread from ...
不用argue了，我是不是能解释为你是个捡二手货的？原文明明白白地挂在网上，非要去搜检各种评论贴上来。你觉得写新闻的有几个看得懂论文会分析数据么？你觉得新闻稿的水平比peer-review的原文高么？你要是看不明白原文我也没什么兴趣浪费时间。 Potscher 发表于 2020-4-11 13:09
https://www.thepaper.cn/newsDetail_forward_6911447 但他Forster 表示，不论是哪篇论文，目前仍无法就 ...
无论是澎湃还是观察者，我对他们的相关文章都很失望。根本就是利用原文向读者输灌病毒不是从中国起源的观点，完全不在乎原文实际上强调了无法确定病毒的来源地，但同时有限的数据显示已知最早的病毒是在广东发现的。 cooker 发表于 2020-4-11 22:22
不用argue了，我是不是能解释为你是个捡二手货的？原文明明白白地挂在网上，非要去搜检各种评论贴上来。 ...
不用那么大火气，人与人之间有不同观点很正常 老福 发表于 2020-4-11 22:53
不用那么大火气，人与人之间有不同观点很正常
我并不在乎你的观点，也不想说服你。但是任何试图错误解读，歪曲数据的行为都是不道德的。
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